Abstract: Carnivores are extremely important in ecosystem dynamics. Coatis (Procyonidae) are a group of Neotropical species with highly developed social behavior. One coati species is the Central American or white-nosed coati (Nasua narica). This work describes the analysis of two sets of mitochondrial data for a sample of N. narica covering most of the geographic distribution range of the species. The first data set analyzed 74 specimens for three mitochondrial loci; the second, 59 specimens for complete mitochondrial genomes. Our phylogenetic analyses revealed six distinct genetic groups of N. narica in southern México, Central America, and South America, which, together with three additional groups found in northern México and southern USA in a previous study, resulted in a total of nine genetically distinct groups of N. narica. The first genetic group (G1), which began to differentiate 4.1 to 3.2 million years ago, was located on the Pacific coast of Ecuador and northern Colombia. A second genetic group (G6) was detected in northern Colombia, Panama, and southern Costa Rica, being introgressed by mitochondrial DNA from the mountain coati (Nasuella olivacea). The third genetic group (G3) was located in Costa Rica, Nicaragua, El Salvador, Honduras, and southern Guatemala. The fourth genetic group (G4) was located in north-central Guatemala and Belize. The fifth genetic group (G5) was distributed in southern México (Chiapas, Tabasco, Campeche, Quintana Roo, and Yucatán) and northern Guatemala. Finally, the sixth genetic group (G2) was found only in Mérida (Yucatán, México). Groups G2 to G5 became mitochondrially diversified over 1.9 to 1.1 million years. All groups showed high mitochondrial genetic diversity, although the South American genetic group (G1) had the highest diversity. The northern genetic groups (G4, G5) had lower genetic diversity, except for the Merida group, which is likely composed of other undetected subgroups. The existence of six (nine, considering another study) well-developed groups in N. narica is related to female phylopatry and climatic changes during the Pleistocene. A spatial autocorrelation analysis showed a very high structure, well in line with the south-to-north colonization of the American continent by N. narica.

Resumen: Los carnívoros son extremadamente importantes en la dinámica de los ecosistemas. Los coatíes (Procyonidae) son un grupo de especies neotropicales con un comportamiento social muy desarrollado. Una especie de coatí es el coatí centroamericano o de nariz blanca (Nasua narica). Este trabajo describe el análisis de dos conjuntos de datos mitocondriales para una muestra de N. narica que cubre la mayor parte del rango de distribución geográfica de la especie. El primer conjunto de datos analizó 74 especímenes para tres loci mitocondriales; el segundo, 59 especímenes para genomas mitocondriales completos. Nuestros análisis filogenéticos revelaron seis grupos genéticos distintos de N. narica en el sur de México, América Central y América del Sur, que, junto con tres grupos adicionales encontrados en el norte de México y el sur de EE. UU. en un estudio anterior, dieron como resultado un total de nueve genéticamente distintas grupos de N. narica. El primer grupo genético (G1), que comenzó a diferenciarse hace 4,1 a 3,2 millones de años, se ubicó en la costa del Pacífico de Ecuador y el norte de Colombia. Un segundo grupo genético (G6) fue detectado en el norte de Colombia, Panamá y el sur de Costa Rica, siendo introgresado por ADN mitocondrial del coatí de montaña (Nasuella olivacea). El tercer grupo genético (G3) se ubicó en Costa Rica, Nicaragua, El Salvador, Honduras y el sur de Guatemala. El cuarto grupo genético (G4) se ubicó en el centro-norte de Guatemala y Belice. El quinto grupo genético (G5) se distribuyó en el sur de México (Chiapas, Tabasco, Campeche, Quintana Roo y Yucatán) y norte de Guatemala. Finalmente, el sexto grupo genético (G2) se encontró únicamente en Mérida (Yucatán, México). Los grupos G2 a G5 se diversificaron mitocondrialmente durante 1,9 a 1,1 millones de años. Todos los grupos mostraron una alta diversidad genética mitocondrial, aunque el grupo genético sudamericano (G1) presentó la mayor diversidad. Los grupos genéticos del norte (G4, G5) tuvieron menor diversidad genética, excepto el grupo Mérida, que probablemente esté compuesto por otros subgrupos no detectados. La existencia de seis (nueve, considerando otro estudio) grupos bien desarrollados en N. narica está relacionada con la filopatría femenina y los cambios climáticos durante el Pleistoceno. Un análisis de autocorrelación espacial mostró una estructura muy alta, en línea con la colonización de sur a norte del continente americano por N. narica.

Abstract The margay (Leopardus wiedii, Felidae, Carnivora) is one of the eight recognized species from the Leopardus genus. With the traditional morphological criteria 10 L. wiedii subspecies have been recognized. Recently, only three subspecies of margay have been defined as valid throughout the molecular results of Eizirik et al. (1998). Nevertheless, the number of specimens analyzed in that study was small (24). Therefore, we analyzed 118 margay’s specimens for three mitochondrial genes (mtATP8, mt16S rRNA, and mtND5). The specimens were sampled in Mexico, Guatemala, Belize, Nicaragua, Costa Rica, Panama, Colombia, French Guyana, Ecuador, Peru, Bolivia, and Brazil. These specimens included seven out of the 10 recognized subspecies of margay. Our results did not agree with the traditional morphological classification nor with the more recent molecular subspecies proposal. By means of Bayesian Inference and Maximum Likelihood, we detected 13 different groups. Some of them are a monophyletic clade for L. w. salvinia (Guatemala and Belize), a small monophyletic clade composed by some specimens of L. w. pirrensis (Panama and Costa Rica), another small monophyletic clade composed by specimens of L. w. vigens (French Guyana), two monophyletic clades with specimens a priori classified as L. w. boliviensis (Bolivia) (but polyphyletic between them), and, at least, five monophyletic clades within L. w. amazonica (although polyphyletic among them) distributed across all the Amazon Basin. Henceforth, there was not agreement between the morphological subspecies and the molecular data obtained. No significant spatial structure was detected. Thus, the concept of geographical subspecies has a very limited significance for this species. All the demographic analysis procedures showed a very strong and significant population expansion for this species. The mismatch distribution analysis dated this population expansion around 200 000-400 000 years ago, meanwhile the Bayesian Skyline Plot analysis estimated it around 300 000 years ago. This was related with the climatic changes in the last phase of the Pleistocene.

Resumen El margay Leopardus wiedii, Felidae, Carnivora) es una de las ocho especies de felinos neotropicales del género Leopardus reconocidas hasta el momento. Con criterios morfológicos tradicionales, se han reconocido putativamente 10 subespecies de L. wiedii. Más recientemente, se han reconocido como válidas tres subespecies de margay en función de los resultados moleculares obtenidos por Eizirik et al. (1998). Sin embargo, el número de especímenes analizados en aquel estudio fue pequeño (24). Por ello, hemos procedido al análisis de 118 especímenes de margays para tres genes mitocondriales (mtATP8, mt16S rRNA, y mtND5). Los especímenes fueron muestreados en México, Guatemala, Belice, Nicaragua, Costa Rica, Panamá, Colombia, Guyana Francesa, Ecuador, Perú, Bolivia y Brasil. Esos especímenes representaron siete de las 10 subespecies putativas descritas tradicionalmente. Nuestros resultados no coincidieron ni con la propuesta tradicional morfológica, ni con la propuesta molecular más reciente. Se detectaron, mediante un árbol bayesiano y un árbol de máxima verosimilitud 13 grupos diferentes. Algunos de ellos son: un grupo monofilético para L.w. salvinia (Guatemala y Belice), un pequeño grupo monofilético integrado por varios especímenes de L.w. pirrensis (Panamá y Costa Rica), otro pequeño grupo monofilético integrado por especímenes de L. w. vigens (Guyana Francesa), al igual que dos grupos monofiléticos (pero polifiléticos entre sí) de especímenes clasificados a priori como L. w. boliviensis (Bolivia) y de, al menos, cinco grupos monofiléticos al interior de L. w. amazonica (aunque polifiléticos entre sí) distribuidos por toda la cuenca del Amazonas. De este modo, se pone de manifiesto que no existe una correspondencia entre las posibles subespecies morfológicas y los resultados moleculares obtenidos. Tampoco se detectó estructura espacial significativa poniendo de manifiesto que, seguramente, la designación de subespecies geográficas tiene un sentido muy limitado en esta especie. Todos los métodos empleados para determinar posibles cambios demográficos detectaron una fuerte y significativa expansión poblacional. La misma fue datada hace 200 000-400 000 años para el procedimiento “mismatch distribution” y hace 300 000 años para el procedimiento “Bayesian Skyline Plot”, lo cual se relacionó con cambios climatológicos en la última fase del Pleistoceno.

ABSTRACT Introduction: epidemic conjunctivitis is highly contagious. It can have a workplace aetiology. Objectives: compile epidemiological data and quantify financial costs; provide information on management and classification. Material / Methods: retrospective-descriptive study of work-related epidemic conjunctivitis cases (CIE-9) seen by FREMAP in 2014-2015 requiring sickness certification. Results: comprises 1.6% of all sickness certification for workplace ophthalmic incidents. Most cases were women (75%), service sector workers, and 76% were bilateral. Average age was 39. Medical treatment (eyedrops/other medication) prescribed in 86.48% of cases, and 46% had received prior medical attention. Total number of sick days was 1068 (average 28.48). Healthcare costs were 17,511.59 euros and sickness benefits 40,060.11 euros. Conclusions: condition more prevalent in service sector, healthcare workers and women. Mostly bilateral. No seasonal correlation. Early diagnosis essential, as is removing worker from the workplace and instigating measures to reduce contagion. Sickness leave and financial costs are significant.

RESUMEN Introducción: las conjuntivitis epidémicas presentan alto riesgo de contagio. Pueden tener etiología laboral. Objetivos: conocer datos epidemiológicos y cuantificar costes económicos; aportar información sobre manejo y catalogación. Material / Métodos: estudio descriptivo-retrospectivo de una serie de casos (contingencias profesionales) por conjuntivitis epidémica (CIE-9) durante 2014-2015 en FREMAP, que generaron procesos de incapacidad temporal. Resultados: sobre el total de patologías oftalmológicas laborales con baja, representaron el 1,6%. Mujeres 75%, sector servicios y 39 años de media. Bilateral 73% de los casos. El 46% recibió asistencia previa. Tratamiento médico 86,48% (colirios / otros fármacos). Días de baja 1068 (media/ proceso 28,48 días). Costes sanitarios 17511,59 euros y prestaciones 40060,11 euros. Conclusiones: sector Servicios, mujeres y profesionales sanitarios, mayor prevalencia. Mayoritariamente, afectación ambos ojos. Prevenir, el mejor tratamiento. No correlación estacional. Esencial diagnóstico precoz, interrumpir actividad laboral del trabajador y extremar medidas para evitar contagio. Tasas de absentismo y costes económicos relevantes.

Los primates son uno de los grupos de mamíferos más decomisados por la autoridades ambientales (SDA) en Bogotá, Colombia. Un total de 133 primates fueron confiscados en Bogotá durante el año 2008 y mantenidos en las instalaciones de la SDA. De ellos, 115 fueron secuenciados para el gen mitocondrial citocromo oxidasa II (mtCOII) y en 112 ejemplares, las secuencias obtenidas fueron de alta calidad. Esas secuencias se compararon con las obtenidas para ejemplares muestreados directamente en campo por nuestro grupo de investigación y con origen geográfico conocido. De ese modo, se pudo determinar las áreas geográficas, en el territorio colombiano, donde pueden liberarse esos ejemplares después del tratamiento de rehabilitación oportuno. Los resultados principales para las cinco especies de primates fueron como siguen: 1- Para Saguinus leucopus, los animales analizados pueden ser liberados en cualquier área geográfica dentro del rango de distribución de la especie, ya que solo se detectó un acervo genético sin estructura espacial. 2- Para los 14 Aotus sp. secuenciados procedentes de la SDA, se determinó que: uno de ellos pertenecía a A. vociferans, propio de la Amazonía; siete ejemplares pertenecieron a A. griseimembra, propio del valle del Magdalena hasta la costa Caribe colombiana; cuatro ejemplares representaron a A. brumbacki, de los Llanos Orientales de Colombia; y dos ejemplares se asociaron con A. azarae azarae del norte de Argentina y Paraguay, con lo cual se muestra que en Colombia se está recibiendo fauna ilegal procedente de otros países. 3- De los 14 Cebus albifrons secuenciados, dos pertenecieron al área geográfica de distribución de C. a. versicolor; uno al de C. a. pleei, 10 al de C. a. leucocephalus, y uno no pudo ser asignado ya que su secuencia mostraba gran divergencia respecto a los otros ejemplares secuenciados de esta especie. 4- Los dos Cebus capucinus secuenciados mostraron estar asociados a un acervo genético encontrado en el norte del Chocó, Sucre y Córdoba. 5- De 11 Cebus apella secuenciados, 10 mostraron pertenecer al acervo genético que se encuentra en los Llanos Orientales de Colombia y altamente relacionado a Cebus apella apella de la Guyana Francesa, aunque podrían representar un acervo propio de Colombia, C. a. fatuellus sensu Groves (2001). Un individuo no pudo ser relacionado con ningún grupo de los otros C. apella estudiados, ni con los taxones relacionados a la especie mencionada, pero, probablemente, con su propio estatus taxonómico (C. a. paraguayanus = C. cay, C. xanthosternos, C. nigritus).

Genetic methods for the reintroduction of primates Saguinus, Aotus and Cebus (Primates: Cebidae) seized in Bogota, Colombia. Primates are one of more confiscated taxa by the environmental authorities in Bogota, Colombia. During 2008, 133 monkeys were confiscated; samples from 115 of them were sequenced by the mitochondrial cythocrome oxidase II gene (mtCOII) and 112 sequences obtained were of high quality. These sequences were compared with those obtained by our research group from individuals directly sampled in the field, with precise geographic origin. So, a more specific geographic area of the Colombian territory could be considered for a correct rehabilitation treatment during the reintroduction of these confiscated animals. The main results with five primate species were: 1- For all the specimens analyzed of Saguinus leucopus, they could be liberated in any geographical area of its distribution range, since only one gene pool was found. 2- For the 14 Aotus sp. individuals sequenced from the SDA (Environmental District Secretariat), one of them (A. vociferans) was coming from the Amazon, seven exemplars belonged to A. griseimembra from the Magdalena Valley and the Colombian Caribbean coasts, four individuals represented to A. brumbacki from the Colombian Eastern Llanos, and two were associated to A. azarae azarae from Northern Argentina and Paraguay (which means that illegal traffic of animals is arriving to Colombia from other South-American countries). 3-Out 14 Cebus albifrons sequenced, two belonged to the geographical area of C. a. versicolor, one to C. a. pleei, 10 to C. a. leucocephalus and one could be not assigned because its sequence yielded a great genetic divergence with respect to the other specimens sequenced of this species. 4- The two Cebus capucinus sequenced showed to be associated to a gene pool found in the Northern of Chocó, Sucre and Córdoba Departments. 5- Out 11 Cebus apella sequenced, 10 showed to belong to the gene pool presented in the Colombian Eastern Llanos and highly related (but differentiable) to Cebus apella apella from the French Guyana. It could be named C. a. fatuellus sensu Groves (2001). One exemplar sequenced could be not related with the other C. apella analyzed, nor the related taxa to the aforementioned species (C. a. paraguayanus =C. cay; C. xanthosternos; C. nigritus). Rev. Biol. Trop. 58 (3): 1049-1067. Epub 2010 September 01.

Los actinomicetos son importantes en la sostenibilidad de sistemas naturales. Su diversidad fue evaluada en suelos de bosque, pastizal y rastrojo, y dos profundidades en el Sur del Trapecio Amazónico Colombiano. Se analizaron suelos de cinco repeticiones por cobertura para un total de 15 unidades. Se tomaron seis muestras en cada unidad y dos profundidades, para un total de 30. Los actinomicetos cultivables se determinaron por recuento en placa, se extrajo ADN, se amplificó el gen ADNr 16s y su diversidad genética se estimó por ARDRA. Hubo diferencias de abundancia entre coberturas y profundidades, relacionadas con la vegetación, presencia de lombrices, macrofauna, altos niveles de materia orgánica, y bases totales. Se obtuvieron valores de diversidad fenotípica similares para las tres coberturas, pero los bosques son más diversos. Se identificaron 16 morfotipos, agrupados en séis géneros, siendo Streptomyces el más abundante. La heterogeneidad de los patrones ARDRA no permitió la asignación de especies, reflejándose variaciones en las secuencias de diferentes operones ADNr 16s en un mismo organismo. Las perturbaciones en la cobertura influyen sobre los actinomicetos, generando cambios en su abundancia y diversidad. Su importancia ecológica permite proponerlos como indicadores biológicos de alteración del paisaje.

Communities of Actynomicetes fungy in three vegetation types of the Colombian Amazon: abundance, morphotypes and the 16s rDNA gene. Among soil microorganisms, Actinomycetes play an important role in the sustainability of natural and agricultural systems: decomposition of organic matter; degradation of recalcitrant compounds like lignin; nitrogen fixation; degradation of agricultural chemicals and biological control in plants and animals. We evaluated their diversity in soils under three different vegetation covers (pasture, tropical primary forest and stubble) at two depths in the Southern Colombian Amazon border. We collected five replicates per vegetation type (in each, three samples at 0-20cm and three at 20-30cm; for a total of 30 samples). Abundance and phenotypic diversity were determined by plate counting. Genomic DNA was extracted from the isolates: the 16s rDNA gene was amplified with specific primers, and its genetic diversity was estimated by means of an amplified restriction analysis (ARDRA). Actynomicetes abundance varied with vegetation and depth, possibly reflecting presence of earthworms, macro-fauna and physico-chemical characteristics associated to fertility, as well as organic matter, total bases, and optimal capacity to cationic interchange. Primary forests had the highest diversity. Sixteen morpho-types (six genera) were identified; Streptomyces was the most abundant everywhere. The heterogeneity of ARDRA patterns prevented species identification because of the intra-species variability in sequences of 16s rDNA operons. This community is a biological indicator of landscape alteration and could include new bio-active compounds of pharmaceutical interest. Rev. Biol. Trop. 57 (4): 1119-1139. Epub 2009 December 01.

Los programas de conservación de especies se apoyan fuertemente en estudios de genética poblacional. En el presente estudio, reportamos diversos análisis genéticopoblacionales en ocho especies de cérvidos neotropicales (Mazama americana, M. gouzaoubira, M. rufina, Odocoileus virginianus, Hippocamelus antisensis, Pudu mephistopholes, Ozotoceros bezoarticus y Blastoceros dichotomus) y, adicionalmente, en varias especies de cérvidos europeos y asiáticos (Cervus elaphus, C. nippon, Capreolus capreolus, C. pygargus and Dama dama). Una de esas especies europeas, la población de Cervus elaphus en Escocia, fue tomada como una población con un grado muy elevado de diversidad genética ya que proviene del cruce de diferentes grupos de ciervos rojos procedentes de diversas subespecies de la Europa continental. Desde una perspectiva de una diversidad genética depauperada, se tomó el nivel encontrado en una población de ciervos sika (Cervus nippon) en Escocia, que prácticamente no mostró variabilidad a nivel molecular. Respecto a esos dos casos que consideramos como de elevada y escasa variabilidad genética, encontramos que las poblaciones analizadas de Mazama americana, M. gouzaoubira y Odocoileus virginianus estuvieron cerca del límite máximo encontrado para el ciervo rojo escocés (H=0.64, 0.70 y 0.61, respectivamente), mientras que M. rufina mostró el más bajo grado de variabilidad genética de las especies neotropicales, cercano al extremo mínimo presentado por C. nippon. Algunas de las muestras de Mazama y de Odocoileus, tomadas a nivel macrogeográfico, mostraron un exceso de homocigotos debido, probablemente, a la existencia de efecto Wahlund (efecto de subdivisión). Ninguna de las especies analizadas parece haber atravesado un cuello de botella reciente.

Genetic variability in Neotropical deer genera (Mammalia: Cervidae) according to DNA microsatellite loci. Species conservation programs are highly based on analyses of population genetics. We compared eight Neotropical Cervidae (Mazama americana, M. gouzaoubira, M. rufina, Odocoileus virginianus, Hippocamelus antisensis, Pudu mephistopholes, Ozotoceros bezoarticus and Blastoceros dichotomus) and some European and Asian Cervidae (Cervus elaphus, C. nippon, Capreolus capreolus, C. pygargus and Dama dama). The European species C. elaphus was our standard for a high degree of genetic variability: we used a Scottish population originated in the mix of diverse Western European subspecies. On the contrary, Cervus nippon (a population from Scotland with a founder effect) was our standard for a depauperated population. The M. americana, M. gouzaoubira and O. virginianus samples had high diversity values close to our C. elaphus population (H= 0.64, 0.70 and 0.61, respectively), while M. rufina was very low, close to C. nippon. Several sample sets of Mazama and Odocoileus yielded a homozygote excess, probably due to the Wahlund (subdivison) effect. There was no evidence of recent bottleneck events. Rev. Biol. Trop. 57 (3): 879-904. Epub 2009 September 30.

Currently in Colombia, there are only records of morph-agronomic characterizations of Mangifera indica cvar. Hilacha; molecular studies on this mango variety have not been carried out. The aim of this work was to identify the genetic diversity of six populations of mango Hilacha by RAPDs markers, as a fundamental base for breeding programs, conservation and selection of promissory materials for the fruit industry at the national level. From 60 primers evaluated in the populations, five primers were selected and were launched in the six populations. Polymorphic bands of RAPDs were transformed into binary matrices, which were then processed with NTSYS-PC, POPGENE and TFPGA softwares. The overall genetic diversity, H T = 0.468 ± 0.0016, is very similar to the average subpopulation genetic diversity, H S = 0.4431 ± 0.0024, which revealed a small genetic differentiation among the mango Hilacha populations studied (G ST = 0.0532). This means that each population contained in average 95% of the total genetic diversity found in the global population analyzed. Considerable gene flow between populations (Nm = 9) was found. Finally, we recommend studying the genetic diversity of mango Hilacha populations with other molecular markers to complement the information obtained and to find similarities or differences with the results presented herein.

Livestock predation by puma in Parque Nacional Sajama (PNS) has generated a strong conflict between the economic interests of local communities and the conservation of this species. The objective of this paper is to provide information about the status of the puma population within the PNS and present possible options for diminishing the conflict. Five specimens of pumas were identified through be DNA microsatelites analysis extracted from fecal samples, and according to density estimates the maximum population expected for PNS should be of 10 adult pumas. Pumas of PNS showed a high genetic diversity (H=0.94) and a relatively high gene flow. For this reason, the hunting of pumas within the PNS cannot be considered a solution of the conflict. We suggest the following alternatives: 1) to improve several aspects of livestock management; 2) to test the use of conditioning taste aversion practices; 3) to explore special markets for meat and fiber of domestic animals of the PNS (friendly with predators); 4) selective eco-tourism; 5) economic compensation by means of projects explicitly linked to conservation. Appropriate actions in order to resolve this conflict should be urgently taken, before the local stockbreeders take their own actions that will probably affect negatively the puma populations.

La depredación de animales domésticos por el puma en el Parque Nacional Sajama (PNS) genera un fuerte conflicto entre los intereses económicos de las comunidades locales y la conservación de esta especie. El objetivo de este trabajo es proporcionar información sobre el estado de la población del puma dentro de PNS y presentar las posibles opciones para atenuar el conflicto. El análisis de siete microsatélites del ADN extraídos de muestras fecales de puma, permitió identificar cinco individuos y según las estimaciones de densidad la población máxima esperada para el PNS es de 10 pumas adultos. Los pumas del PNS mostraron una alta diversidad genética (H=0.94) y un flujo relativamente alto de genes, en comparación con otras poblaciones del puma. Por estas razones, la caza de pumas dentro de PNS no debe ser considerada como una solución para el conflicto. Se sugieren las siguientes alternativas: 1) mejorar varios aspectos de las prácticas del manejo del ganado, 2) probar el uso de prácticas de condicionantes de aversión al sabor, 3) explorar mercados especiales para carne y fibra de animales domésticos del SNP (amigables con los depredadores), 4) eco-turismo selectivo, 5) remuneración económica por medio de proyectos ligados explícitamente a la conservación. Si no se toman acciones rápidas para resolver el conflicto, los ganaderos del PNS tomarán sus propias acciones que probablemente afectarán negativamente a la población del puma.

Twenty-five Andean Bolivian fecal samples were obtained for extracting DNA. Five different Andean Bolivian pumas were detected and together with three skins of animals hunted completed eight Andean Bolivian pumas studied here. Additionally, 45 DNA samples from wild pumas from Colombia, Peru, Ecuador, Venezuela and western Brazilian Amazon were analyzed by means of hair with roots, little pieces of skins, muscle tissues and teeth. All these 53 puma DNA were genotypified for seven microsatellites (Fca 08, 24, 43, 45, 96, 126 and 391). The levels of gene diversity were very high in both sample groups (H = 0.942 and 0.845, respectively), with values considerably higher than those found in the North American pumas. Diverse population assignment analyses showed that the Bolivian Andean pumas did not form a different significant cluster from the other puma group studied. Only Fca 96 showed significant heterogeneity between both groups. Nevertheless, globally, this heterogeneity was very small (F ST, G ST, R ST). On the contrary, the gene flow estimates between both groups were very elevated for all the procedures performed. The estimation of the parameter θ (= 4Neμ), by means of the maximum likelihood procedure of Nielsen (1997), showed that the Bolivian sample is a similar extension of the puma population of the other Latin American countries analyzed. Therefore, this study yielded strong results in favor of an unique gene pool of pumas in north western South America, in contrast with the traditional morphology and morphometric classifications which had identified a considerable number of puma subspecies in this region of Latin America.

Se analizaron originalmente 25 muestras fecales de puma andino boliviano para proceder a su extracción de ADN. De esas 25 muestras, se detectaron cinco pumas diferentes que, junto, a tres de pieles de animales cazados, completaron un total de ocho pumas andinos bolivianos analizados. Igualmente se analizaron 45 muestras de ADN procedentes de pumas silvestres de Colombia, Perú, Ecuador, Venezuela y Amazonia occidental brasileña obtenidas a partir de mechones de pelos con bulbo, trocitos de pieles, músculo y dientes. Todas ellas se genotipificaron para siete marcadores microsatélites (Fea 08, 24, 43, 45, 96, 126 y 391). Los niveles de diversidad genética resultaron muy elevados en ambas muestras (H = 0,942 y 0,845; respectivamente), con valores muy superiores a los reportados para pumas norteamericanos. Diversos análisis de asignación poblacional mostraron que los pumas andinos bolivianos no formaron un grupo consistentemente diferente del otro grupo de pumas analizado. Únicamente un marcador, Fea 96, mostró heterogeneidad genética significativa entre ambos grupos. Sin embargo, globalmente, esa heterogeneidad fue extremadamente pequeña (F ST, G ST, R ST). Por el contrario, las estimas de flujo génico entre ambas agrupaciones fueron elevadas para toaos los procedimientos empleados. La estimación del parámetro θ (= 4Neμ) mediante el método de máxima verosimilitud de Nielsen (1997) mostró que la muestra boliviana es una extensión indiferenciable de la otra agrupación de pumas de otros países latinoamericanos. Por lo tanto, este estudio aporta resultados concluyentes en favor de un único acervo genético de pumas en el nor-occidente de Sudamérica, en contraste con las tradicionales clasificaciones morfológicas y morfométricas que habían identificado un número considerable de subespecies de puma en esta región de Latinoamérica.

Se analizaron 16 sistemas isoenzimáticos para cinco especies colombianas del género Lutzomyia. Los niveles de heterocigosis media esperada insesgada oscilaron entre 0.098 (Lu. youngi) y 0.215 (Lu. torvida). Las cinco muestras estudiadas de forma global, para todos los marcadores analizados, presentaron desviación respecto al equilibrio Hardy-Weinberg por un exceso de homocigotos, tanto al utilizar algunas pruebas clásicas como tests exactos con cadenas de Markov. Este hecho puede estar favorecido por diversas causas: (1) la más probable es la existencia de efecto Wahlund en el seno de cada población debido a subdivisión y/o a la técnica de muestreo empleada. La endogamia puede descartarse ya que no todos los loci están afectados por el mismo tipo de exceso de homocigotos. (2) Sin embargo, no se puede descartar la existencia de alelos nulos, al menos, para algunos de los marcadores isoenzimáticos utilizados. El análisis jerarquizado con las F de Wright mostró valores elevados y significativos para cada uno de los estadísticos. El estadístico promedio F IT mostró un valor de 0.655 existiendo un conspicuo exceso de homocigotos a nivel total de todas las especies, el estadístico promedio F IS fue altamente positivo (0.515) mostrando exceso de homocigotos a nivel individual en cada una de las especies estudiadas. La heterogeneidad genética entre las cinco especies fue notable (F ST = 0.288). Esto muestra que esas especies están bien diferenciadas a nivel isoenzimático y que en el interior de cada especie también hay una subdivisión genética. La matriz de identidades genéticas de Nei muestra que las especies más relacionadas fueron Lu. longiflocosa-Lu. torvida (0.959) y Lu torvida-Lu. spinicrassa (0.960) mientras que las genéticamente más distantes fueron Lu. torvida-Lu. youngi (0.805) y Lu. quasitownsendi-Lu. youngi (0.796). Con los algoritmos UPGMA y Wagner, se observó que la especie más divergente fue Lu. youngi, mientras que las relaciones más conspicuas se observaron entre Lu. longiflocosa-Lu. torvida y Lu torvida-Lu. spinicrassa. Adicionalmente, con un análisis de autocorrelación espacial (índice de Moran) la mayoría de los alelos utilizados presentaron una estructura espacial muy débil o inexistente, lo que significa que los eventos de especiación entre las especies estudiadas se dieron en forma independiente de las distancias geográficas existentes actualmente entre ellas.

Genetic structure in five Phlebotominae (Lutzomyia spp.), townsendi series, verrucarum group, in Colombia (Diptera: Prychodidae). Sixteen isoenzyme patterns were analyzed for five Colombian Lutzomyia species. The average unbiased expected heterozygosity levels ranged from 0.098 (Lu. youngi) to 0.215 (Lu. torvida). The five species samples, taken all the isoenzymes employed, were significantly deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium by homozygous excess with classical as well as Markov chain exact tests. Possible causes: (1) Wahlund effect within populations due to subdivision and/or sampling. Endogamy could be discarded because these loci were affected by highly different levels of homozygous excess. (2) Null alleles could be not discarded, at least for some isoenzymes. The hierarchical Wright´s F analysis showed high and significant values for each parameter. The average F IT value was 0.655 with a conspicous homozygous excess at a global level (all species taken together); the average F IS value was significantly positive (0.515) as well, with homozygous excess within each species. The genetic heterogeneity between the fives species was noteworthy (F ST = 0.288), indicating clear genetic differentiation. The more related species pairs were Lu. longiflocosa-Lu. torvida (0.959) and Lu torvida-Lu. spinicrassa (0.960); while Lu. torvida-Lu. youngi (0.805) and Lu. quasitownsendi-Lu. youngi (0.796) were the most divergent (Nei´s genetic identity matrix). UPGMA and Wagner algorithms showed that the most divergent species was Lu. youngi, whereas the most related were Lu. longiflocosa-Lu. torvida and Lu torvida-Lu. spinicrassa. A spatial autocorrelation analysis (Moran´s I index) revealed a very weak, or inexistent spatial structure, which means that the speciation events between these species were independent from the geographic distances from where they currently live. Rev. Biol. Trop. 56 (4): 1717-1739. Epub 2008 December 12.

En el presente estudio, mostramos los primeros resultados moleculares de formas colombianas de Cavia. Claramente, la población silvestre de C. anolaimae fue genéticamente diferenciada de la forma doméstica, C. porcellus, tal como ha sido demostrado por otros autores utilizando resultados morfométricos, osteológicos y cariotípicos. Ambas especies mostraron un considerable nivel de diversidad genética, aunque el segundo taxon mostró niveles mayores de esta diversidad. Los niveles de heterogeneidad genética también fueron mayores entre las poblaciones de C. porcellus (F ST = 0.254) que entre las poblaciones de C. anolaimae (F ST = 0.118). Esos niveles significativos de heterogeneidad genética, y los consiguientes bajos niveles de flujo génico, fueron discutidos comparativamente con los resultados por otros autores analizando otros marcadores moleculares (citocromo-b mitocondrial). Los resultados aquí mostrados son coherentes con un complejo proceso de domesticación en Cavia porcellus.

Population genetics of Colombian Guinea Pigs, Cavia spp. (Rodentia: Caviidae) with RAPD molecular markers. The genus Cavia occurs in South America, mainly in grasslands.. We collected blood samples from 97 individuals in six field populations and analyzed them with RAPD molecular markers. One wild type (C. anolaimae) was differentiated from the domestic form (C. porcellus), in agreement with other authors who used morphological, osteological and karyotipic results. Genetic diversity was considerable in both species, but higher in C. porcellus. The levels of genetic heterogeneity were also higher among the populations of C. porcellus (F ST = 0.254) than among the populations of C. anolaimae (F ST = 0.118). These significant levels of genetic heterogeneity, and the low levels of gene flow, were consistent with a complex domestication process for Cavia porcellus. Rev. Biol. Trop. 56 (3): 1481-1501. Epub 2008 September 30.

We used nine morphological genes to analyze cat populations from Mexico, the Dominican Republic, the Colombian, Brazilian and Peruvian Amazon, Bolivia and Brazil. Most populations were in Hardy-Weinberg equilibrium at the O locus. The highest allele frequencies so far detected at world level for alleles I (inhibitor) and L (long hair) were found at La Paz (Bolivia). The analyses revealed at least five cat gene pools in Latin America: These findings suggest that the current genetic distribution of cats in Latin America correlates with the colonization of the Americas during the XIV to XVIII centuries. Additionally, the cat populations of São Paulo, Rio de Janeiro and Manaus were sampled, to compare their 1996-2003 genetic profiles with those obtained in 1983. Generally, these genetic profiles seem temporally stable, which is important for comparing cat populations sampled in different years and decades.

El presente trabajo muestra dos análisis moleculares sobre la filogenia de los cérvidos neotropicales. En uno se secuenció la región control del mtDNA (D-loop) de seis especies de Odocoileinae, utilizándose las secuencias de dos Muntiacinae como elementos externos. Se evidenciaron los siguientes resultados: La secuencia de una Mazama americana, de origen mexicano, presentó una fuerte relación filogenética con las diversas secuencias estudiadas de Odocoileus, contrario a lo esperado ya que, a priori, debería haberse asociado con las secuencias analizadas de otros ejemplares de Mazama de origen boliviano. Esto pone en evidencia que este género no es monofilético. A su vez, las secuencias de los ejemplares bolivianos de Mazama formaron una agrupación con secuencias de Pudu puda y O. bezoarticus. Una secuencia de O. virginianus, del área central de Colombia, presentó más relación con la secuencia de un O. hemionus norteamericano que con las restantes secuencias analizadas de O. virginianus, también de origen colombiano. Esto puede reflejar varias explicaciones hipotéticas, tales como la existencia de haplotipos ancestrales comunes entre ambas especies de Odocoileus, hasta la hibridación en Norteamérica entre ambos taxones antes de su penetración en Sudamérica. Los análisis de máxima parsimonia presentan una especial relación entre los Muntiacinae y el clado de los ciervos sudamericanos. El segundo análisis filogenético hizo uso de 16 marcadores nucleares microsatélites. Aunque, en principio, estos marcadores no son los más recomendables para estudios filogenéticos intergenéricos, los resultados muestran, al igual que el ADN mitocondrial, una mayor relación entre M. americana y O. virginianus que entre la primera especie y M. gouzaoubira.

Phylogenetic relationships among Neotropical deer genera (Artiodactyla: Cervidae) by means of DNAmt sequences and microsatellite markers. The current work shows two molecular phylogenetic analyses on Neotropical deers. In the first analysis, the mitochondrial control region (D-loop) was sequenced in six Odocoileinae species from Latin America, using the sequences of two Muntiacinae as outgroups. The results obtained were as follows: A sequence of Mazama americana showed a striking relationship with several sequences of Odocoileus in contrast to that expected, since this M. americana haplotype, from a Mexican origin, was not associated with several Bolivian Mazama sequences analyzed. This could put forward that this genera is not monophyletic. On the other hand, these Bolivian Mazama formed a clade with Pudu puda and Ozotoceros bezoarticus. Likely, an Odocoileus virginianus sequence from the Central area of Colombia showed a more strong relationship with a Northamerican O. heminonus sequence than with the other O. virginianus sequences of Colombian origin as well. This could be explained by means of various different hypotheses. The first is the existence of common ancestral haplotypes between both species. Another one is the reiterative hybridization among both Odocoileus species before the migration of O. virginianus from North America to South America. Moreover, the maximum parsimony analysis showed an intense relationship between the Muntiacinae and this Neotropical Cervidae clade. In addition, and adding credence to the relevant polyphyletism found in Mazama by means of the mitochondrial control region DNA sequences, a second analysis with 16 DNA microsatellite loci also showed a higher genetic relationship between M. americana and O. virginianus, than between the first species regard to Mazama gouazoubira. Rev. Biol. Trop. 55 (2): 723-741. Epub 2007 June, 29.

Six Latin American cat populations (La Havana, San Jose, Bogotá, Asunción, Buenos Aires and Santiago) have been studied from a population genetics standpoint by using different morphological coat and molecular microsatellite markers (FCA43, FCA45, FCA96 and FCA126). The main aims of the current work are as follows: (1) To determine whether the type and intensity of the genetic differences found for diverse morphological loci among the current British cat populations and those from the British oversea colonies (USA, Canada and Australia) agree with the differences among the current Spanish cat populations and those from Latin America and (2) to determine if the genetic relationships among some of these Latin American cat populations are in agreement by using independently morphological and molecular microsatellite markers. The different results obtained were as follows: (A) All populations analyzed were in Hardy-Weinberg equilibrium at the O, S and at the four microsatellite loci studied with the exception of La Havana at the S locus. (B) The trees obtained showed that the relationships of the six cat populations studied regard to the Spanish populations, in particular, and with the European populations, in general, were extremely heterogeneous. Therefore, for instance, Asuncion was genetically identical to some Catalonian populations meanwhile Santiago (Chile) revealed more resemblance with the cat populations of presumed British origin in the Eastern Coast of the United States by means of the coat color genes. The striking genetic heterogeneity among some of these Latin American cat populations could be explained by the existence of different geographic, or temporal, migrations from Spain and/or that diverse gene drift degrees were present in the foundation of the diverse populations studied. Finally, the molecular results were similar to those obtained with the gross morphological genes. Therefore, the overall evolution of these morphological markers is controlled more probably by neutral stochastic forces than by selective ones.

Seis poblaciones latinoamericanas de gatos (La Habana, San José, Bogotá, Asunción, Buenos Aires y Santiago) han sido estudiadas desde una perspectiva genético poblacional con marcadores que codifican características morfológicas del pelaje y marcadores moleculares nucleares microsatélites (FCA43, FCA45, FCA96, FCA126). A partir de las frecuencias alélicas de ambos tipos de marcadores genéticos se investigó: (1) si el tipo y la intensidad de las diferencias genéticas encontradas para diversos loci morfológicos entre las poblaciones de gatos en Gran Bretaña y en sus ex-colonias transmarítimas (EU, Canadá, Australia) se dio también entre las poblaciones de gatos actuales en España y en Latinoamérica y (2) si las relaciones genéticas de esos caracteres morfológicos entre algunas de esas poblaciones latinoamericanas de gatos fue paralela a las relaciones encontradas con marcadores moleculares microsatélites. Los resultados obtenidos fueron: (A) Todas las poblaciones analizadas estuvieron en equilibrio Hardy-Weinberg para los loci O, S y para los cuatro loci microsatélites estudiados, con la excepción de la población de La Habana para el locus S. (B) Los fenogramas obtenidos mostraron que las relaciones de las seis poblaciones latinoamericanas de gatos respecto a las poblaciones españolas y europeas fueron muy heterogéneas. Por ejemplo, la población de Asunción (Paraguay) fue genéticamente indistinguible de algunas poblaciones de gatos analizadas en Cataluña, tanto con los genes morfológicos como con los microsatélites, mientras que Santiago presentó más semejanzas con las poblaciones de gatos de presunto origen británico en la costa Este de los Estados Unidos cuando se utilizaron los genes del pelaje. La fuerte heterogeneidad genética entre algunas de las poblaciones latinoamericanas estudiadas hace pensar en que diversas migraciones geográficas, o temporales, se dieron desde España, o que diversos grados de deriva genética se dieron en la fundación de las diferentes poblaciones latinoamericanas estudiadas. Finalmente, los resultados moleculares son similares a los obtenidos con los genes de codificación morfológica por lo que la evolución global de éstos parece más modulada por fuerzas neutrales que selectivas.